Finntroll został założony w 1997 roku przez Teemu Raimoranta (Somnium), gitarzystę zespołu Impaled Nazarene oraz Jana Jämsena (Katla). Ich pierwsze demo, Rivfader, zostało nagrane rok później, w 1998 r. Po nagraniu dema do zespołu dołączyli Samu Ruotsalainen (z Barathrum i Rapture), Samuli Ponsimaa, Henri Sorvali (z Moonsorrow) i Sami Uusitalo. Podpisany kontrakt z wytwórnią Spikefarm zaowocowało pierwszą płytą Midnattens Widunder wydaną w 1999 roku.
W 2001 roku zespół nagrał kolejny album zatytułowany Jaktens Tid. Album awansował do pierwszej dwudziestki fińskiej listy przebojów, co przekroczyło oczekiwania zespołu, jak i wydawnictwa. Rosnąca fala popularności wzbudziła zainteresowanie wytwórni Century Media, która rozpoczęła promowanie zespołu na całym świecie. W tym samym roku, w lecie, zespół dał koncert na festiwalu w Finlandii i w innych krajach.
Rok później po wydaniu albumu Jaktens Tid na zespół spadła seria nieszczęść. Niektóre z tras koncertowych zostały anulowane. Wokalista Jämsen przestał śpiewać z powodu guza na strunach głosowych, który nie mógł zostać usunięty operacyjnie.
Nowy album Finntroll Visor Om Slutet został nagrany w styczniu 2003 roku, w lesie niedaleko Helsinek. Płyta była eksperymentem akustycznym, gdzie Jan Jämsen i nowy wokalista Tapio Wilska (z Sethian) udzielali głosu. Po wydaniu tego albumu Jämsen, współzałożyciel Finntroll, opuścił zespół.
Krótko po wydaniu Visor Om Slutet, Teemu Raimoranta, drugi z współzałożycieli zespołu, zginął w wypadku, spadając z mostu w Helsinkach, po spożyciu dużej ilości alkoholu (wg oficjalnej wersji). Dwie osoby, które były z nim w tamtym czasie, powiedziały, że Raimoranta skoczył z mostu, ponieważ chciał popełnić samobójstwo. Zespół, po otrząśnięciu się po stracie głównego członka zespołu, zdecydował się wyruszyć w trasę koncertową po Europie razem z grupą Katatonia. Gitarzysta Mikael Karlbom zastąpił Raimorantę.
W 2004 roku zespół wydał minialbum Trollhammaren i album Nattfödd.
29 stycznia 2006, Tapio Wilska, wokalista zespołu od 2003 roku zostaje zwolniony z zespołu. W oświadczeniu wydanym na stronie zespołu Wilska za przyczyny odejścia wymienia różnice osobiste w zespole i zwątpienie w jego poświęcenie nad projektem. Reszta powodów jest prywatna. W kwietniu tego samego roku Mathias Lillmåns zostaje nowym wokalistą zespołu.
28 marca 2007 roku oficjalnie został wydany album Ur Jordens Djup (Z Głębi Ziemi).
